Obecny Prymas prawie 21 lat był nuncjuszem apostolskim w Polsce – to najdłuższy czas pełnienia tej funkcji w jednym kraju. Abp Kowalczyk doprowadził m.in. do przywrócenia ordynariatu polowego Wojska Polskiego (1991 r.) oraz przygotował reorganizację kościelnych struktur administracyjnych w naszym kraju.
Na mocy bulli Jana Pawła II z 25 marca 1992 r. powstało 8 nowych metropolii i 13 diecezji. Rozwiązano też unię personalną między archidiecezją gnieźnieńską i warszawską. W 1996 r. powstała metropolia bizantyńsko-ukraińska (z archidiecezji przemysko-warszawskiej i z diecezji wrocławsko-gdańskiej), a w 2004 r. ustanowiono dwie nowe diecezje (bydgoską i świdnicką) oraz nową metropolię (łódzką). Zakończeniem reformy był powrót tytułu Prymasa durante munere do arcybiskupów gnieźnieńskich (18 grudnia 2009 r.). Pierwszym po 173 latach ordynariuszem gnieźnieńskim i jednocześnie prymasem Polski na stałe rezydującym w Gnieźnie został wtedy abp Henryk Muszyński.
Abp Józef Kowalczyk jako nuncjusz apostolski negocjował tekst umowy konkordatowej, a 28 lipca 1993 r. podpisał Konkordat między Stolicą Apostolską i Rzeczpospolitą Polską. Wszedł on w życie w kwietniu 1998 r.
8 maja 2010 r. dotychczasowy nuncjusz apostolski w Polsce został mianowany arcybiskupem metropolitą gnieźnieńskim i jednocześnie otrzymał tytuł prymasa Polski. Ingres do katedry gnieźnieńskiej odbył 26 czerwca.
Prymas Polski 28 sierpnia br. skończy 75 lat. Zgodnie z kodeksem prawa kanonicznego złożył na ręce Ojca Świętego Franciszka rezygnację z urzędu ordynariusza diecezji.
Zobacz też: Informacja i galeria zdjęć na stronie archidiecezji gnieźnieńskiej Życiorys abp. Józefa Kowalczyka 20-lecie nowych struktur w Kościele w Polsce