Biskupi mogą zgłosić kandydaturę jednego z 43 biskupów diecezjalnych (struktura administracyjna Kościoła katolickiego w Polsce obejmuje 44 diecezje, ale abp Michalik nie może już być kandydatem), odbywa się to w sposób anonimowy, na specjalnie przygotowanym formularzu.
Karty ze zgłoszeniami kandydata na przewodniczącego zostaną przekazane komisji skrutacyjnej, wyłonionej na początku obrad spośród biskupów pomocniczych. Następnie rozpoczynają się wybory. Jeśli w pierwszym głosowaniu żaden ze zgłoszonych kandydatów nie osiągnie głosów co najmniej połowy biskupów plus jeden, wówczas odbywa się kolejna tura głosowania. Tym razem można głosować na tych biskupów, którzy w pierwszej turze otrzymali co najmniej jeden głos. Jeśli w wyniku drugiej tury nikt nie uzyska większości ponad 50 proc., zarządzane jest trzecie głosowanie, w którym pod uwagę bierze się wyłącznie dwóch kandydatów, którzy w drugiej turze uzyskali największą ilość głosów. Gdyby obydwaj kandydaci otrzymali taką samą liczbę głosów, przewodniczącym zostanie hierarcha, który ma dłuższy staż biskupi.
Nowo wybrany przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski obejmuje obowiązki z chwilą wyboru.
Przewodniczący i jego zastępca wybierany jest na okres pięciu lat spośród biskupów diecezjalnych. Funkcje te można pełnić bez przerwy przez dwie kolejne kadencje. W marcu 2014 r. upływają drugie kadencje abp. Józefa Michalika na stanowisku przewodniczącego Episkopatu i abp. Stanisława Gądeckiego jako zastępcy przewodniczącego KEP. W związku z tym Episkopat wybierze nowe władze.
Prawo głosu w wyborach mają wszyscy członkowie Konferencji Episkopatu Polski, a więc biskupi diecezjalni i pomocniczy. Biskupi seniorzy nie biorą udziału w głosowaniach, nie są bowiem członkami Konferencji.