Symbolika logotypu łączy w sobie trzy elementy: miejsce, głównych bohaterów oraz temat spotkania.
Znak ŚDM Kraków 2016 wpisany jest w kontur Polski. W jego centrum znajduje się krzyż, symbolizujący Chrystusa jako istotę Światowych Dni Młodzieży. Żółte koło oznacza położenie Krakowa i symbolizuje młodych ludzi. Z krzyża wypływa iskra Bożego Miłosierdzia, formą i kolorystyką nawiązująca do obrazu Jezu, ufam Tobie. Logo jest ilustracją słów Błogosławieni miłosierni, albowiem oni miłosierdzia dostąpią. (Mt 5,7), które zostały wybrane na temat spotkania. Kolory użyte w logo: niebieski, czerwony i żółty, nawiązują do oficjalnych barw Krakowa i jego herbu.
Autorką i pomysłodawczynią logo jest Monika Rybczyńska, pochodząca z Ostrzeszowa 28-letnia graficzka i montażystka, absolwentka Wydziału Dziennikarstwa i Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego. Logo stworzyła w Watykanie, bezpośrednio po kanonizacji Jana Pawła II, jako formę podziękowania za wstawiennictwo Świętego w jej życiu zawodowym.
Współautorką logo jest Emilia Pyza, pochodząca z Garwolina 26-letnia absolwentka Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie, specjalizująca się w projektowaniu książek i grafice wydawniczej.
Podczas konferencji zaprezentowana została również oficjalna modlitwa Światowych Dni Młodzieży Kraków 2016. Składa się ona z trzech części. Pierwsza jest zawierzeniem Miłosierdziu Bożemu każdego człowieka, szczególnie ludzi młodych. Druga część, to prośba o łaskę bycia miłosiernym. Trzecia część jest wezwaniem wstawiennictwa Matki Bożej i św. Jana Pawła II - patrona ŚDM.
Treść modlitwy dostępna jest na stronie: krakow2016.com.
XXXI Światowe Dni Młodzieży odbędą się w Krakowie w dniach 26-31 lipca 2016 r. Poprzedzą je Dni w Diecezjach, zaplanowane na terenie całej Polski.