Komisja Wspólna przedstawicieli Rządu i Episkopatu powstała po II wojnie światowej. Początkowo (w latach 1949-56) nosiła nazwę Komisja Mieszana, później została przemianowana na Komisję Wspólną Przedstawicieli Rządu RP i Konferencji Episkopatu Polski. Została powołana w celu utrzymania stałych kontaktów między rządem i Konferencją Episkopatu Polski dla rozwiązywania problemów dotyczących stosunków między państwem i Kościołem. Od 1999 r. spotkania odbywają się naprzemiennie w gmachu Episkopatu Polski i siedzibach rządowych lub ministerialnych. Wcześniej odbywały się w kancelarii Prezesa Rady Ministrów.