Zadaniem Duszpasterstwa Krajowego Zakładów Poprawczych i Schronisk dla Nieletnich jest animowanie oddziaływań duszpasterskich w izolacyjnym środowisku młodzieży przestępczej i niedostosowanej społecznie, wykolejonej w znaczeniu obyczajowym i prawnym, a zarazem animowanie katechezy w szkołach będących częścią zakładów poprawczych, jak i schronisk dla nieletnich. Duszpasterstwo Krajowe poleca kapelanom i organizuje konferencje z zakresu resocjalizacji i psychoprofilaktyki. Duszpasterstwo Krajowe współpracuje m.in. z Katedrą Psychologii Sądowej i Penitencjarnej Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego, inicjując badania psychologiczne wśród młodzieży zakładowej, m.in. w celu modyfikowania oddziaływań pastoralnych.