Ks. Krzysztof Wętkowski urodził się 12 sierpnia 1963 r. w Gnieźnie. Po zdaniu matury w II Liceum Ogólnokształcącym, wstąpił do Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego. Święcenia prezbiteratu przyjął w bazylice prymasowskiej 4 czerwca 1988 r. z rąk prymasa Polski kard. Józefa Glempa. Przez rok był wikariuszem w parafii farnej pw. św. Marcina i Mikołaja w Bydgoszczy (obecnie katedra bydgoska). Pełnił też obowiązki kapelana i sekretarza bp. Jana Nowaka, ówczesnego biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego, wikariusza biskupiego Prymasa Polski dla miasta Bydgoszczy.
W roku 1989 ks. Wętkowski został skierowany na studia specjalistyczne z zakresu prawa kanonicznego na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Po uzyskaniu tytułu doktora nauk prawnych w zakresie prawa kanonicznego wrócił do archidiecezji gnieźnieńskiej. W 1994 r. abp Henryk Muszyński mianował go rzecznikiem prasowym oraz referentem ds. środków społecznego przekazu gnieźnieńskiej kurii. Funkcje te pełnił przez rok. W tym samym czasie posługiwał również jako ojciec duchowny Prymasowskiego Instytutu Teologicznego w Gnieźnie.
Biskup nominat przez 17 lat (od 1995 r.) pełnił obowiązki kanclerza Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. W ramach prac przygotowawczych do synodu diecezjalnego kierował pracami komisji ds. struktur kościelnych. Był sekretarzem komisji organizacyjnej ds. Jubileuszu 1000-lecia śmierci św. Wojciecha oraz Archidiecezjalnego Komitetu Pielgrzymki Papieskiej w 1997 r., a także przewodniczącym Międzydiecezjalnej Komisji Historycznej Archidiecezji Gnieźnieńskiej i Diecezji Bydgoskiej.
Od wielu lat ks. Wętkowski wykłada prawo kanoniczne w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym i Prymasowskim Instytucie Teologicznym w Gnieźnie. Od 2008 r. jest adiunktem Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Jest autorem kilkunastu artykułów naukowych i popularnonaukowych oraz promotorem dziesięciu prac magisterskich. Jest również autorem książki: „Działalność ustawodawcza kardynała Stefana Wyszyńskiego, jako Arcybiskupa Gnieźnieńskiego” i współredaktorem książki „Kanonicy Kapituły Katedry Gnieźnieńskiej 1918-2009” – za którą otrzymał nagrodę Towarzystwa Miłośników Gniezna.
Jest stałym felietonistą „Przewodnika Katolickiego”. Wchodził w skład rady programowej gazety diecezjalnej, radia diecezjalnego oraz Archidiecezjalnej Komisji Liturgicznej. W latach 2007 – 2011 był przewodniczącym Rady Nadzorczej Prymasowskiego Wydawnictwa „Gaudentinum”. Od 2009 do 2012 r. należał do Rady Programowej Instytutu Prymasa Józefa Glempa. W latach 2000 – 2012 był sędzią Trybunału Metropolitalnego w Gnieźnie. Od 2001 do 2012 r. pełnił funkcję Delegata Arcybiskupa Gnieźnieńskiego do wizytowania parafii dziekańskich, a od 1995 do 2008 r. był ceremoniarzem Bazyliki Prymasowskiej w Gnieźnie.
W roku 2000 został mianowany kanonikiem honorowym, a cztery lata później kanonikiem gremialnym Kapituły Prymasowskiej Archikatedry Gnieźnieńskiej. Należy do grona Kolegium Konsultorów, Rady Kapłańskiej i Rady Duszpasterskiej Archidiecezji Gnieźnieńskiej. Od 1996 r. jest związany codzienną posługą duszpasterską z parafią pw. św. Michała Archanioła w Gnieźnie.
Od 1 stycznia 2011 r. ks. Wętkowski pełni funkcję moderatora Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. Z dniem 1 października 2012 r. prymas Polski abp Józef Kowalczyk powierzył mu obowiązki wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej, polegające na wspomaganiu biskupa diecezjalnego w zarządzaniu diecezją. Od 15 września br., kiedy to bp Bogdan Wojtuś przeszedł na emeryturę, archidiecezja gnieźnieńska miała jednego biskupa pomocniczego – bp. Wojciecha Polaka, który jednak jako sekretarz generalny KEP na stałe przebywa w Warszawie.
24 listopada br. Nuncjatura Apostolska w Polsce ogłosiła decyzję Ojca Świętego, że ks. Krzysztof Wętkowski będzie biskupem pomocniczym archidiecezji gnieźnieńskiej. Jako stolica tytularna została mu przydzielona Glavinizza.
Zobacz także: KOMUNIKAT: Komunikat Nuncjatury Archidiecezja gnieźnieńska