W Episkopacie bp Jan Zając pełni funkcje przewodniczącego Komisji Charytatywnej i przewodniczącego Zespołu ds. Sanktuariów. Kieruje też pracami Komisji Nadzorczej Caritas Polska.
W archidiecezji krakowskiej od wielu lat jest wikariuszem generalnym metropolity krakowskiego. Opiekuje się też Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach, jako jego rektor. Jego zawołanie biskupie brzmi: "Wstańcie, chodźmy".
Bp Jan Zając urodził się 20 czerwca 1939 roku w Libiążu. Po maturze, w październiku 1957 roku rozpoczął studia filozoficzno-teologiczne w Wyższym Seminarium Duchownym Archidiecezji Krakowskiej. 23 czerwca 1963 roku otrzymał święcenia kapłańskie w katedrze wawelskiej z rąk późniejszego papieża, biskupa Karola Wojtyły.
Na początku posługi kapłańskiej był wikariuszem w parafiach: pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Międzybrodziu Żywieckim (1963-1967); pw. Matki Bożej Królowej Polski w Chełmku (1967-1970) i pw. Ofiarowania Matki Bożej w Wadowicach (1970-1971). Od czerwca 1971 roku do sierpnia 1977 roku pełnił obowiązki ojca duchownego w Wyższym Seminarium Duchownym Archidiecezji Krakowskiej. Następnie, do czerwca 1980 roku, był duszpasterzem jednego z czterech rejonów parafii pw. Matki Bożej Królowej Polski w Nowej Hucie. W czerwcu 1980 roku został proboszczem parafii pw. św. Szczepana w Krakowie.
4 listopada 1984 roku został mianowany rektorem Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej i pełnił tę funkcję przez 9 lat. W czerwcu 1993 roku objął funkcję dyrektora Wydziału Koordynacji Duszpasterstwa Archidiecezji Krakowskiej. Od czerwca 1998 roku pełnił również posługę ojca duchownego w ramach Studium Formacji Stałej Kapłanów Archidiecezji Krakowskiej.
Bp Jan Zając należy do Rady Kapłańskiej, Rady Duszpasterskiej i Kolegium Konsultorów. Jest kanonikiem Kapituły Metropolitalnej na Wawelu i protonotariuszem apostolskim. W 1999 roku został wikariuszem biskupim ds. duszpasterstwa. Od 2002 jest rektorem Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach.
14 sierpnia 2004 roku, wspólnie z ks. Józefem Guzdkiem, został mianowany przez Jana Pawła II biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej. Święcenia biskupie przyjął 15 września 2004 roku. W 2005 roku został mianowany przez arcybiskupa Stanisława Dziwisza wikariuszem generalnym.
W czerwcu 2013 r. bp Jan Zając obchodził jubileusz 50-lecia święceń kapłańskich, wraz z metropolitą krakowskim kard. Stanisławem Dziwiszem.
www.diecezja.pl/ BP KEP Posłuchaj: Wypowiedź bp. Jana Zająca podczas jubileuszu 50-lecia kapłaństwa, przeżywanego wspólnie z metropolitą krakowskim kard. Stanisławem Dziwiszem: